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Projeto de Doutorado

Título: Exploração de metabolismos relacionados à captura de CO2 por cepas de Clostridium beijerinckii.

 

Resumo: O crescimento econômico causa o aumento significativo das emissões de gases do efeito estufa, cujo principal representante é o dióxido de carbono (CO2). Acordos internacionais visam reduzir as emissões de CO2 e limitar o aumento da temperatura global em 1,5 °C até 2050. Para isso, o desenvolvimento de processos biotecnológicos utilizando microrganismos capazes de realizar a captura de CO2 constitui-se uma boa alternativa para a redução das emissões de CO2 e completa utilização da biomassa. Alguns microrganismos são capazes de realizar um metabolismo mixotrófico, no qual há a concomitante assimilação de carbono orgânico e inorgânico. Dentre estes, Clostridium beijerinckii ATCC 35702 foi reportado como capaz de assimilar CO2 durante a fermentação de glicose. As possíveis vias de assimilação de CO2 neste microrganismo são: 1) Metabolismo de Wood-Ljungdahl; 2) via anidrase carbônica e 3) pelo mecanismo reverso da enzima piruvato-ferredoxina oxidorredutase. Possivelmente, C. beijerinckii Br21, uma cepa isolada em nosso laboratório, também é capaz de realizar este tipo de metabolismo. Esta hipótese foi formulada após a recorrente obtenção de valores de recuperação de carbono acima de 100 % em relação à estequiometria. Verificou-se que a cepa Br21 também apresenta a maquinaria enzimática necessária para a captura de CO2, assim como a cepa ATCC 35702. Dessa forma, essa investigação visa comprovar a captura de CO2, por C. beijerinckii Br21, bem como aumentar a eficiência desse processo por otimização das condições de cultivo e manipulação genética. Com isso, almeja-se alcançar um dos objetivos descritos pela ONU, na “Ação contra a mudança global do clima”, ao desenvolver um microrganismo mais robusto para aplicação industrial, com a capacidade de utilizar recursos renováveis e capturar CO2.

 

Palavras-chave: Metabolismo mixotrófico, metabolismo de Wood-Ljungdahl, piruvato ferredoxina oxidorredutase, HCO3-, otimização, transformação.

Agência financiadora: FAPESP (Processo 2023/00590-4).

Dissertação de Mestrado (Download)

Título: Produção de 1,3-propanodiol por Clostridium beijerinckii Br21 a partir de glicerol: expressão gênica das principais enzimas envolvidas e manipulação genética por transformação.

 

Resumo: A bioeconomia como substituição ao modelo econômico atual é a alternativa mais discutida nas últimas décadas, como forma de diminuição da dependência de recursos fósseis, caracterizados como poluentes e não-renováveis. Os processos biotecnológicos desenvolvidos em biorrefinarias são considerados como uma das alternativas mais atraentes na valorização de biomassas, convertendo-as em bioprodutos, biocombustíveis e bioenergia. Por exemplo, o biodiesel pode ser obtido a partir de óleos e gorduras, porém gera glicerol como subproduto. A utilização do glicerol como fonte de carbono tem sido estudada em vários bioprocessos, dentre os quais destaca-se a sua conversão a 1,3-propanodiol (1,3-PDO) por bactérias do gênero Clostridium. A metabolização do glicerol ocorre por duas vias, uma oxidativa, pelas enzimas glicerol desidrogenase (GDH) e di-hidroxiacetona quinase (DHAK), ou glicerol quinase (GK) e glicerol-3-fosfato desidrogenase (GPDH); e outra redutiva, pelas enzimas glicerol desidratase (GDHt) e 1,3-propanodiol desidrogenase (PDODH), sendo que a produtividade final de 1,3-PDO é dependente da expressão gênica destas enzimas. Neste trabalho, estudou-se o isolado Clostridium beijerinckii Br21, para o qual foram investigadas as condições nutricionais de fermentação e a expressão de enzimas envolvidas no processo de oxidação/redução de glicerol. Tais investigações também foram efetuadas e comparadas a uma cepa referência, Clostridium pasteurianum DSM 525. Finalmente, estudou-se a manipulação genética de C. beijerinckii Br21, para aprimorar a obtenção de 1,3-PDO. Comparando a fermentação da cepa Br21 em meio bastante nutritivo (RCM) e pouco nutritivo (WIS, descrito por (WISCHRAL et al., 2015)), verifica-se a obtenção de 1,3-PDO somente em condições de menor disponibilidade nutricional. A concentração final de 1,3-PDO obtida em meio WIS é similar à obtida por C. pasteurianum DSM 525. Além disso, a expressão de GPDH na cepa Br21 em meio WIS é baixa, possivelmente indicando limitação da velocidade de oxidação do glicerol via GK. Dessa forma, esta oxidação provavelmente ocorre via GDH/DHAK. Quanto à redução do glicerol, a expressão gênica de PDODH foi similar para as cepas Br21 e DSM 525. Com o intuito de aumentar a expressão gênica de redução do glicerol, realizou-se a transformação de C. beijerinckii Br21, utilizando o plasmídeo pMTL83251 contendo os genes codificantes das enzimas GDHt, cobalamina adenosiltransferase e PDODH, sob controle do promotor codificante das enzimas fosfotransacetilase/acetato quinase. Após a seleção e aperfeiçoamento de um método descrito na literatura, a transformação por eletroporação para promover a superexpressão gênica de GDHt, cobalamina adenosiltransferase e PDODH foi bem-sucedida. A superexpressão desses genes promoveu o aumento da produtividade de 1,3-PDO, porém não houve aumento da concentração final deste composto. Este estudo contribuiu para o melhor entendimento das vias de transformação de glicerol a 1,3-PDO por um isolado de C. beijerinckii, além de possibilitar a adaptação de um método de transformação para o mesmo.

 

Palavras-chave: RT-qPCR, glicerol quinase, glicerol-3-fosfato desidrogenase, 1,3-propanodiol desidrogenase, eletroporação, superexpressão, pMTL83251.

Agência financiadora: FAPESP (Processos 2020/03168-3 e 2021/06757-2).

Artigos publicados

2023

Microrganisms

Authors: Jonatã Bortolucci, María-Eugenia Guazzaroni, Teresa Schoch, Peter Dürre, and Valeria Reginatto.

Abstract: Biotechnological processes at biorefineries are considered one of the most attractive alternatives for valorizing biomasses by converting them into bioproducts, biofuels, and bioenergy. For example, biodiesel can be obtained from oils and grease but generates glycerol as a byproduct. Glycerol recycling has been studied in several bioprocesses, with one of them being its conversion to 1,3-propanediol (1,3-PDO) by Clostridium. Clostridium beijerinckii is particularly interesting because it can produce a range of industrially relevant chemicals, including solvents and organic acids, and it is non-pathogenic. However, while Clostridium species have many potential advantages as chassis for synthetic biology applications, there are significant limitations when considering their use, such as their limited genetic tools, slow growth rate, and oxygen sensitivity. In this work, we carried out the overexpression of the genes involved in the synthesis of 1,3-PDO in C. beijerinckii Br21, which allowed us to increase the 1,3-PDO productivity in this strain. Thus, this study contributed to a better understanding of the metabolic pathways of glycerol conversion to 1,3-PDO by a C. beijerinckii isolate. Also, it made it possible to establish a transformation method of a modular vector in this strain, therefore expanding the limited genetic tools available for this bacterium, which is highly relevant in biotechnological applications.

Keywords: glycerol dehydratase; 1,3-propanediol dehydrogenase; non-solventogenic; modular vector; non-model chassis; Clostridium; transformation.

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2023

Biomass and 

Bioenergy

Authors: Jonatã Bortolucci, Ana Clara Bonizol Zani, Paula Fagundes de Gouvêa, Taísa Magnani Dinamarco, and Valeria Reginatto.

Abstract: Clostridium beijerinckii is a remarkable biocatalyst that can perform Acetone-Butanol-Ethanol (ABE) fermentation. Nevertheless, some C. beijerinckii strains lose the capacity to produce butanol. Here, we compare xylose fermentation in the presence of acetic acid and butyric acid by two C. beijerinckii strains: Br21 and ATCC 35702. The former strain is non-solventogenic (it lacks the adc gene for acetoacetate decarboxylase), whereas the latter is a known solventogenic strain capable of ABE fermentation. Fermentation of xylose alone and with acetic acid, butyric acid, or acetic and butyric acid supplementation revealed differences between strains Br21 and ATCC 35702 in terms of product profile. Strain Br21 consumed six times more acetic acid than strain ATCC 35702. External butyric acid addition helped strain ATCC 35702 to enhance butanol generation. However, butyric acid supplementation did not affect strain Br21, which was not able to reassimilate butyric acid to produce butanol. Expression of acidogenic enzymes revealed that acetoacetyl-CoA-acetate/butyrate-CoA-transferase was a key enzyme for butyric acid evolution by strain Br21. Besides xylose fermentation, strain Br21 was able to use acetic acid, a biomass hydrolysis derivative, to form butyric acid as the only fermentation product. Although C. beijerinckii Br21 was unable to form butanol, it is a promising biocatalyst for obtaining butyric acid through an unconventional pathway involving xylose fermentation and acetate assimilation.

2023

Heliyon

2022

Frontiers in

Sustainable

Food

Systems

Authors: Beatriz da Cruz Mermejo, Jonatã Bortolucci, Adalgisa Rodrigues de Andrade, and Valeria Reginatto.

Abstract: Ever-increasing biofuel production has raised the supply of glycerol, an abundant waste from ethanolic fermentation and transesterification, for biodiesel production. Glycerol can be a starting material for sustainable production of 1,3-propanediol (1,3 PD), a valued polymer subunit. Here, we compare how Clostridium pasteurianum DSMZ 525, a well-known 1,3-PD-producer, and the non-solventogenic Clostridium beijerinckii Br21 perform during glycerol fermentation. Fermentative assays in 80-, 390-, or 1,100-mM glycerol revealed higher 1,3-PD productivity by DSMZ 525 compared to Br21. The highest 1,3-PD productivities by DSMZ 525 and Br21 were obtained in 390 mM glycerol: 3.01 and 1.70 mM h−1, respectively. Glycerol uptake by the microorganisms differed significantly: C. beijerinckii Br21 consumed 41.1, 22.3, and 16.3%, while C. pasteurianum consumed 93, 44.5, and 14% of the initial glycerol concentration in 80, 390, and 1,100 mM glycerol, respectively. In 1,100 mM glycerol, C. beijerinckii Br21 growth was delayed. Besides 1,3-PD, we detected butyrate and acetate during glycerol fermentation by both strains. However, at 80 mM glycerol, C. beijerinckii Br21 formed only butyrate as the by-product, which could help downstream processing of the 1,3-PD fermentation broth. Therefore, C. beijerinckii Br21, an unexplored biocatalyst so far, can be used to convert glycerol to 1,3-PD and can be applied in biofuel biorefineries.

2020

Bioresource

Technology

Reports

Authors: Bruna Constante Fonseca, Jonatã Bortolucci, Thalita Marques da Silva, Vinícius Fabiano dos Passos, Paula Fagundes de Gouvêa, Taísa Magnani Dinamarco, and Valeria Reginatto.

Abstract: Fermentative processes allow butyric acid to be produced from renewable substrates, which makes this compound commercially attractive. We have employed the non-solventogenic C. beijerinckii strain Br21 to obtain butyric acid from xylose under different nutritional conditions and controlled pH. Reinforced Clostridium Medium (RCM), which has the lowest C/N ratio, provided the highest butyrate/acetate ratio. When the RCM pH was kept at 6.5, butyric acid was the sole product of xylose fermentation by strain Br21. The butyric acid concentration was 5.2 times higher as compared to the fermentation without controlled pH. The genes buk (butyrate kinase) and hyd (hydrogenase) had their expressions enhanced by 6.8 and 2.0 times during the maximal acid production phase. On the other hand, ack (acetate kinase) had its expression weakened by 2.2 times under controlled pH. C. beijerinckii Br21 is a promising strain for highly specific butyric acid production from substrates derived from lignocellulose.

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